境内河流属海河流域子牙河及大清河水系，过境河流主要有滹沱河、木刀沟和石津（石家庄——天津）总干渠。

滹沱河发源于山西省繁峙县孤山，经正定入藁城，于藁城中部自西向东横贯全境，境内南堤长27.7公里，北堤长15.6公里，河宽平均4000米，最宽处（西部市界处）6000米。境内流域面积119平方公里，设计行洪能力3300立方米/秒，最大行洪量11300立方米/秒（1956年）。境内滹沱河支流有白洋河和周汉河，白洋河发源于正定县杨家庄，原经岗上村北、小丰村南，从双庙村折而北入滹沱河，石津总干渠修成后，白洋河改道，由故献村北折而南，绕村东入渠。周汉河藁城段旧称只照河，上流为旺泉河，发源于正定县，自正定固营村南入境，经黄庄、南屯，前堤里村南至九门村西南折入滹沱河。

木刀沟，发源于新乐市闵镇闵泉，并有行唐县诸山村之水汇入，东至新乐马头铺村南入市境北部边缘，流经牛家庄、北桥寨、金庄、后西关、固德村北至大王村出境入无极县。境内流程13.4公里，流域面积212平方公里，设计行洪能力800立方米/秒。

石津总干渠，是石家庄至天津的过境引水灌溉河渠，于市境中部伴307国道由西向东横贯全境，市内长度26公里。设计流量100立方米/秒，最大流量为120立方米/秒。